生物信息学程序.doc

撰稿人：黄英武 （解放军306医院） 过涛（清华大学生物信息学研究所） 审稿人：孙之荣（清华大学生物信息学研究所） ? 1  HYPERLINK /genome/index9.asp \l 1#1 概述  2 HYPERLINK /genome/index9.asp \l 2#2 生物信息数据库与查询   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 2#2 2.1 基因和基因组数据库   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 2#2 2.2 蛋白质数据库   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 2#2 2.3 功能数据库   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 2#2 2.4 其它数据库资源  3  HYPERLINK /genome/index9.asp \l 3#3 序列比对和数据库搜索   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 3#3 3.1 序列两两比对   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 3#3 3.2 多序列比对  4  HYPERLINK /genome/index9.asp \l 4#4 核酸与蛋白质结构和功能的预测分析   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 4#4 4.1 针对核酸序列的预测方法   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 4#4 4.2 针对蛋白质的预测方法  5  HYPERLINK /genome/index9.asp \l 5#5 分子进化  6  HYPERLINK /genome/index9.asp \l 6#6 基因组序列信息分析   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 6#6 6.1 基因组序列分析工具   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 6#6 6.2 人类和鼠类公共物理图谱的使用   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 6#6 6.3 SNPs识别   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 6#6 6.4 全基因组比较   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 6#6 6.5 EST序列应用  7  HYPERLINK /genome/index9.asp \l 7#7 功能基因组相关信息分析   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 7#7 7.1 大规模基因表达谱分析   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 7#7 7.2 基因组水平蛋白质功能综合预测   HYPERLINK /genome/index9.asp \l 8#8 参考文献 1 概述 当前人类基因组研究已进入一个重要时期，2000年将获得人类基因组的全部序列，这是基因组研究的转折点和关键时刻，意味着人类基因组的研究将全面进入信息提取和数据分析阶段，即生物信息学发挥重要作用的阶段。到1999年12月15日发布的第115版为止，GenBank中的DNA碱基数目已达46亿5千万，DNA序列数目达到535万；其中EST序列超过339万条； UniGene的数目已达到7万个；已有25个模式生物的完整基因组被测序完成，另外的70个模式生物基因组正在测序当中；到2000年1月28日为止，人类基因组已有16%的序列完成测定，另外37.7%的序列已经初步完成；同时功能基因组和蛋白质组的大量数据已开始涌现。如何分析这些数据，从中获得生物结构、功能的相关信息是基因组研究取得成果的决定性步骤。 生物信息学是在此背景下发展起来的综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法的崭新交叉学科。生物信息学是内涵非常丰富的学科，其核心是基因组信息学，包括基因组信息的获取、处理、存储、分配和解释。基因组信息学的关键是“读懂”基因组的核苷酸顺序，即全部基因在染色体上的确切位置以及各DNA片段的功能；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行药物设计。了解基因表达的调控机理也是生物信息学的重要内容，根据生物分子在基因调控中的作用，描述人类疾病的诊断、治疗内在规律。它的研究目标是揭示基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律，解释生命的遗传语言。生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分，成为生命科学研究的前沿。 近来的研究表明