castep搜索过渡态.ppt

按下Run按钮。关闭CASTEP Calculation对话框。 很快，在Project Explorer中出现了一个新文档。它包括计算的Status。一个Job Log窗口显示出来，它包括工作的状态。你也可以从Job Explorer中获得此信息。 Job Explorer显示的和当前项目相关的任何激活的工作的状态。它所显示的有用信息包括服务器和工作识别数字。我们也可以使用Job Explorer来停止工作。 当工作进行时，打开了四个关于工作状态的文档，它们分程传递信息。这些文档包括显示在优化过程中模型更新时的晶体结构，传递工作设置参数信息和运行信息的状态文档，总体能量图和能量，Forces, Stress 的收敛以及起重复数作用的位移。 Job Log窗口 优化后 优化前 同样，激活reactants.xsd文档，优化其结构，结果如下。 优化后 优化前 * * 背景: 探索任一反应的势能面需要反应过程中每一步的结构和能量（或动力学和热力学）的快照。尤其重要的是决定反应速度的步骤，它常常涉及到决定着令人难以捉摸的过度态结构。有许多技术被用来寻找过度态结构，其中非常出名和有效的是（Linear Synchronous Transit ）LST 和（Quadratic Synchronous Transit）QST方法。 本指含盖内容如下： 1. 设置计算的结构 2. 优化几何结构 3. 定义原子配对 4. 使用LST/QST/CG方法计算过度态 使用CASTAP LST/QST工具进行过度态搜索 反应物 反应的第一过度态 反应的第二过度态 反应活性中间体 反应产物 Br2和丙烯加成反应的反应能量进程图。 反应物 过度态? 产物 1. 设置计算的结构 新建QST文件夹 构建Pd (1 1 1)表面，先导入Pd晶体结构。 从菜单栏中选择File | Import。在structures/metals/pure-metals中选择Pd.msi，按Import。 现在更改此结构的显示方式。在Pd.xsd中单击右键，选中Display Style。从Atom标签的显示方式列表中选择Ball and Stick。关闭对话框。 Materials Visualizer中的Cleave Surface工具允许我们劈开任一个大块晶体的表面。 从菜单栏中选择Build | Surfaces | Cleave Surface。 Cleave Surface的对话框如下。 把Cleave plane中的米勒指数从（-1 0 0）改为（1 1 1）。把Fractional Depth设置为2.0。按下Cleave按钮。 选择Surface Mesh标签，设置表面向量U为0.5 -1 0.5，然后按下TAB键。再设置表面向量V 为0.5 0.5 -1，然后按下TAB键。关闭对话框。 于是打开了一个包含2D周期性表面的新的3D模型文档。尽管如此，CASTEP需要一个作为输入的3D周期性体系。我们可以使用Vacuum Slab工具获得它。 从菜单栏中选择Build | Crystals | Build Vacuum Slab，把Vacuum thickness从10.00改为7.00。按下Build按钮。 此结构从二唯周期性变成三唯周期性结构，在原子上添加了一层真空。 我们可以移去单胞底部的对称性图形 ，对称性图形同时也出现在晶胞的上部。 从菜单栏中选择Build | Bonds，在Bonding Scheme标签中勾选上Monitor bonding。关闭对话框。 在Pd (1 1 1).xsd中右键单击，选中Display Style，选择Lattice标签，把Style 设置为In Cell。最后，再把Style 设置为Default。关闭对话框。 In Cell 现在我们可以使用已经建造好的Pd (1 1 1)面去构造与反应物所对应的结构。Pd (1 1 1)面如右图所示： 从菜单栏中选中File | New，选择3D Atomistic Document。当出现提示时，保存对Pd (1 1 1).xsd所坐的修改。按“确定”，一个新的空文档出现。 选中Pd (1 1 1).xsd把它激活。从菜单栏中选择Edit | Select All，接着再选择Ed