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QST2法寻找反应的过渡态
25 Nov
QST2法需要输入分子的起始结构和产物结构,两个分子的原子序号要求一致,否则不能运算。下面以H3CO和H2COH的制作说明之。
先在Gview中制作H3CO,保存为H3CO.gjf;再制作H2COH,保存为H2COH.gjf。分别用Edit–Atom List…打开两个制作的分子模型,Tag那一列就是原子的序号,比较两个分子,发现4和5代表的原子在H2COH中颠倒了,若直接用这样的结构,提交的时候,会给出“Invalid QST2 job! Atom list ordering must be the same for all input geometries! ”错误。这时,点击Tag列中的4和5,分别改成5和4,然后把这一列按序号重新排一下(Rows–Sort Selected),保存。
用ultraedit打开两个分子,就可以看到所有原子的坐标(默认是Cartesian坐标,在Gview中保存的时候,去掉左下角的Write Cartesians的对勾,就可以保存在Z-matrix坐标),拷贝到高斯输入文件中即可。制作好的输入文件如下:
==============================================
#T UHF/6-31G(d) opt=QST2 Test
H3CO–H2COH Reactions
0,2
C 000H 001H 10-0H -0-0-0O -01-0H3CO–H2COH Products
0,2
C 0.0000000 0.0000000 0.0000000
H 0.0000000 0.0000000 1.0700000
H 0.9277049 0.0000000 -0.5331638
H -1.3684675 0.9048960 -0.7874965
O -1.0873056 0.0000000 -0.6335117
==============================================
反应物
过渡态
产物
用Gaussian研究过度态(
Exploring Chemistry with Electronic Structure Method===================================================输入输出文件介绍---------------------------------------------------输入文件#T RHF/6-31G(d) TestMy first Gaussian job:water single point energy0 1O -0.464 0.177 0.0H -0.464 1.137 0.0H 0.441 -0.143 0.0第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,#P表示打印更多的信息.后面的RHF 表示限制性Hartree-Fock 方法,这里要输入计算所选用的理论方法.6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道.Test 是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处.第三行是对于这个工作的描述,写什么都行,自己看懂就是了.第二行是空行,这个空行以及第四行的空行都是必须的.第五行的两个数字,分别是分子电荷和自旋多重度.第六行以后是对于分子几何构性的描述.这个例子采用的是迪卡尔坐标.分子结构输入完成后要有一个空行.输出文件输出文件一般很长,对于上面的输入文件,其输出文件中,首先是版权说明,然后是作者,Pople 的名字在最后一个.然后是Gaussian读入输入文件的说明,再将输入的分子坐标转换为标准内坐标,这些东西都不用去管.当然,验证自己的分子构性对不对就要看这个地方.关键的是有SCF Done 的一行,后面的能量可是重要的,单位是原子单位,Hartree, 1Hartree= 4.3597482E-18 Joules 或 =2625.500 kJ/mol=27.2116 eV;再后面是布居分析,有分子轨道情况,各个轨道的本征值(能量),各个原子的电荷,偶极距.然后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开,所要的东西基本在里面了.然后是一句格言,随机有Gaussian 程序从它的格言库里选出的(在l99
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