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【转】RNA-seq??tools(2012-07-02 16:28:56)转载▼转载自nacoo2000最终编辑亲自走路/rnaseq//data-analysis/rna-seq-data-analysis-tools//data-analysis/beginner-rna-seq-data-analysis-pipeline//fastx_toolkit/galaxy.html#fasta_collapserhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/rcloud//data-analysis/splicing-junction/new-splice-junction-mapping-tool-mapsplice//publications/goseq-gene-ontology-go-analysis-on-rna-seq-data//forums/showthread.php?t=6148/content/early/2011/01/13/bioinformatics.btr012.full.pdfsplice RNA-Seq/MoBio/Free/Ch5A4.htm/forums/showthread.php?t=3754Alternative splicing detection using RNA-seq/forums/showthread.php?t=7811The GATK can be used with any BAM file for analysis. The CountLoci and CountReads walkers are really for QC. The Pileup and DepthOfCoverage walkers we actually use for analysis, and may be informative for RNA-seq data analysis. But we do not have any specific analysis tools for RNA-seq data, and this is not a development priority for us. Perhaps another member of the community is writing GATK-based tools for RNA-seq analysis, though, and will chime in./wiki/RNA-Seq转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），非编码区域功能研究（Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等），基因表达水平研究以及全新转录本发现。/genomics/article/i12877.html?转录组（transcriptom）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，而由于目前蛋白质实验技术的限制，转录组成为研究基因表达的主要手段。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本及基因序列，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体。应用领域： 1. 非编码区域功能研究：Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等 2. 转录本结构研究：UTR鉴定、Intron边界鉴定、可变剪切研究、Start codon鉴定等 3. 基因转录水平研究 4. 全新转录区域研究 基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP（编码序列单核苷酸多态性），提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。/nmeth/journal/v7/n11/abs/nmeth.1517.html/insidi/blog/item/93