密码子偏好性读书演示详解.ppt

密码子偏好性读书报告 1 2 3 4 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 密码子偏好性的常用指标、方法、软件工具 密码子偏好性进展 密码子及其偏好性 引用文献 密码子的概念、密码子偏好性的概念、密码子偏好性的原因 密码子偏好性进展、小组读书报告汇总撰写、小组读书报告演示 计算密码子偏好性的指标、方法、软件工具 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 密码子偏好性原因 密码子概念 密码子偏好性概念 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 信使RNA链上决定一个氨基酸的相邻的三个碱基，亦称三联体密码 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 密码子的简并性 RNA一共由4种氨基酸A、U、C、G组成，则密码子理论上应该有4x4x4=64 种，但自然界只有20种氨基酸。 同一种氨基酸具有两个或更多个密码子的现象称为密码子的简并性。（也就是多个密码子可以编码同一个氨基酸） 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 在没有选择压力和中性突变的情况下，编码同一个氨基酸的几个同义密码子的使用频率应该相同但实际上它们是非随机使用的，并往往偏向于使用某一种或几种特定的同义密码子 其中被高频使用的密码子称为最优密码子（optimal codon）。 这种同义密码子非均衡使用的现象称为密码子偏性（codon bias）。 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 原因 偏好性关系 1、翻译选择 密码子偏性与表达水平之间呈正（或负）相关 2、碱基组成和G+C 含量 密码子偏性受基因组碱基组成的影响 3、基因长度 较短的基因，受密码子数量和种类限制，往往具有较高的偏好性 4、tRNAs 丰度 最优密码子对应于丰度高的 tRNAs 5、氨基酸保守性 保守性高，偏好性高 6、蛋白质编码基因在 DNA 双链位置 DNA 的前导链与滞后链上密码对的使用偏好存在差异 7、密码子碱基组成的上下文关系 1 、 2 位是 A 、 U ，那么其第 3 位倾向于使用 G或 C ，反之亦然 8、基因表达水平 与 tRNA 结合效率高的密码子较多的被采用 9、蛋白质空间结构 稀有密码子与蛋白质结构域 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 软件 常用指标 在线数据库 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 指标 描述 指标 描述 1、RSCU 相对同义密码子使用度 对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率 8、GC3S 第三位上的各种碱基的含量，在蛋白质的合成过程中同义密码子的使用概率并不相同。 2、CAI 密码子适应指数 根据已知高表达基因的序列来估计未知基因密码子使用的偏好性程度 9、COA 对应分析 密码子使用偏性，进行分析基因间的距离 3、CPP CPP的变化范围为0 ~ 18, 越接近18表示密码子被非随机使用的程度越高 10、AT-skew AT偏移 整个基因组DNA序列的(A -T)/(A + T)的比值。 4、ENC 有效密码子数 描述密码子使用偏离随机选择的程度，反映密码子家族中同义密码子非均衡使用的偏好程度 11、HE 高表达优越密码子 研究密码子是否高表达以及基因编码蛋白质的长度也可以作为衡量密码子偏好性的指标 5、FOP 最优密码子使用频率 最优密码子是指在某物种高表达基因中使用频率最高的密码子 12、GRAVY 蛋白疏水水平 反映蛋白质的疏水性对密码子使用偏好的影响 6、CBI 密码子偏爱指数 一个具体基因中高表达优越密码子的组分情况 13、Aromo芳香族氨基酸比例 反映芳香族蛋白质对密码子使用偏好的影响 7、G+C 一般认为G+C含量越高，密码子的偏好性就可能就越强 14、EIG 普遍表达且表达水平相对恒定的基因 发现EIG的表达量与密码子使用偏好性存在相对较强的相关性 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 点击添加文本 软件名称 操作系统 特 点 CodonW Dos, unix, windows 对密码子使用进行多变量分析,可进行密码子、同义 密码子相对使用度和氨基酸的相关性分析,另外还可分 析最优密码子、密码子和(或)双核苷酸偏性、碱基组 成等。 SYCO(Synonymous codon usage Gribskov statistic plot) Unix, linux EMBOSS 的组件之一,利用建立 Gribskov 统计图的方法,通过比较某个序列的密码子使用特点和特定密码子频率表之间的相似性来预测开放阅读框的工具。 CHIPS(Codon Heterozygosity in a Protein-cod