蛋白质序列试题.ppt

如线粒体外膜和细菌质膜中的孔蛋白。它可分为 ①胞外区，肽链的N端部分 ②跨膜区； ③胞质区 （三）蛋白质三维结构预测 蛋白质三维结构预测是当前的难点之一 蛋白质的折叠过程仍然不十分明了 两种工作路线 同源性分析：存在一级结构相似性在40%以上的已知结构蛋白质序列的未知蛋白质，同源模建的方法预测其空间结构，但其准确性相对较高， 从头预测：并不存在已知结构蛋白质的同源蛋白，从头预测的方法，其算法还很不成熟，其准确性仍有待改进。 1.SWISS-MODEL同源模建服务器 / 完全自动的蛋白结构同源模建服务器，提供蛋白质三维结构预测服务。 工作模式： 简捷模式（First Approach mode） 来决定序列能否被建模， 在ExPDB找到了一个或多个合适的同源物， －联配界面（Alignment interface) 优化模式（Optimise mode）。 利用其它知识如生物化学信息来修正构建的结构模型。 四、功能预测（一）motif分析 prosite （二）domain分析 (三）亚细胞定位 TargetP 甲基化、糖基化、磷酸化位点及非经典分泌蛋白分析（CBS网页） 蛋白功能预测（CBS网页） ProtFun 获得fasta格式的序列 二、蛋白质理化性质分析 二级结构。 α螺旋， 是蛋白质中最常见最典型含量最丰富的二级结构元件.在α螺旋中，每轮卷曲的螺旋包含3.6氨基酸残基，残基侧链伸向外侧,同一肽链上的每个残基的酰胺氢和位于它后面的第4个残基上的羰基氧彼此之间形成氢键。在水环境中，肽键上的酰胺氢和羰基氧既能形成内部(α-螺旋内)的氢键，也能与水分子形成氢键。 不同的氨基酸对α螺旋形成的影响是不同的。 三、蛋白质结构分析 （一）、二级结构预测 β折叠 是通过肽链间或肽段间的氢键维系。可以把它们想象为由折叠的条状纸片侧向并排而成,每条纸片可看成是一条肽链, 称为β折叠股或β股(β－strand),肽主链沿纸条形成锯齿状。需要注意的是在折叠片上的侧链都垂直于折叠片的平面,并交替的从平面上下二侧伸出。 －无规则卷曲（random coil) 无规则卷曲或称卷曲(coil)，泛指那些不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段。 受侧链相互作用的影响很大，经常构成酶活性部位和其他蛋白质特异的功能部位如许多钙结合蛋白中结合钙离子的EF手结构（E-F hand structure)的中央环 序列模体和结构域 都是通过对相关蛋白质的多序列比对分析而获得的 序列模体(Motif)，较短的序列模式， 结构域(Domains)，相对较长的区域，通过序列谱获得的， 序列模体的著名的数据库为Prosite数据库。 二级结构预测面临的困难: 二级结构在不同的溶剂环境中构象可能会不同 同一肽段在不同的蛋白质中的结构也不一样 （二）一些特殊结构的预测 信号肽、 膜蛋白的跨膜螺旋 信号肽：某些肽链的N-末端存在着15～30个氨基酸的一段顺序，其功能与将此蛋白质多肽链输送到细胞的特定部位(细胞器)有关。 1.信号肽预测：SignalP 结果输出 每一aa给出位于0~1之间C，S，Y三个数值： （1）C-score（信号肽断裂位点得分值）， （2）S-score（信号肽区域得分值） 高得分值区域为信号肽断裂位点前面的区域， （3）Y-score（综合信号肽断裂位点得分值） 可以更为准确地预测出信号肽断裂位点。 信号肽结构特征 带正电荷的n区， 疏水的核心区h区， 不带电荷但呈极性的c区， 注意事项 预测的是分泌型信号肽， 获得一个预测结果后，需要进一步分析预测产生信号肽区域的长度。 真核生物， 平均长度22.6个aa 较长或较短的，可能是假阳性 跨膜蛋白： 部分或全部镶嵌在细胞膜中或内外两侧，以非极性氨基酸与脂双分子层的非极性疏水区相互作用而结合在质膜上的蛋白质。 亲水部分暴露在膜的一侧或两侧表面; 疏水区同脂双分子层的疏水尾部相互作用。 跨膜蛋白可再分为单次跨膜、多次跨膜、多亚基跨膜等。 跨膜蛋白一般含25%～50%的α螺旋, 也有β折叠， 2.跨膜区预测： 蛋白质序列分析 蛋白质序列分析 副教授 中山大学中山医学院《生物信息学基础》 理化性质: 分子量、等电点、氨基酸组成等结构分析：一级结构、二级结构、三级结构功能预测：motif、domain、信号肽、跨膜区、 亚细胞定位、蛋白质修饰等 1.专家蛋白质分析系统：ExPaSy，Expert Protein Analy