甘氨酸和丙氨酸二肽三肽中NHOC分子内氢键键能的理论研究.pdfVIP

第 24 卷 　第 6 期 原 　子 　与 　分 　子 　物 　理 　学 　报 Vol . 24 　No . 6 2007 年 12 月 J OU RNAL OF A TOM IC AND MOL ECULAR PH YSICS Dec . 2007 文章编号 : (2007) 甘氨酸和丙氨酸二肽 、三肽中N - H …O = C 分子内氢键键能的理论研究 张 　艳 ,王长生 ( 辽宁师范大学化学化工学院 ,大连 116029) 摘 　要 : 提出一种计算多肽中N - H …O = C 分子内氢键键能的新方法. 并将新方法应用于计算甘氨酸和 丙氨酸二肽 、三肽中N - H …O = C 分子内氢键键能. 利用密度泛函理论 B3L YP/ 63 1G( d) 方法优化几何构 ( ) 型和计算频率. 对全部结构计算 MP2/ 63 11 + + G 3 df , 2 p 水平上的单点能量. 结果表明:在甘氨酸二肽 中氢键键能为 - 6 . 38 kcal/ mol ,在丙氨酸二肽中氢键键能为 - 7 . 09 、- 6 . 25 kcal/ mol ;在甘氨酸三肽中氢键 键能为 - 5 . 62 kcal/ mol ,在丙氨酸三肽中氢键键能为 - 537 , - 574 kcal/ mol . 关键词 : 密度泛函理论 ;甘氨酸 ;丙氨酸 ;分子内氢键键能 中图分类号 : O64 1 　　　文献标识码 : A Theoretical study of the intra moelcular N - H …O = C Hbond energy f or glycine and alanine dipeptides and tripeptides ZHAN G Yan ,WAN G Changsheng ( School of Chemist ry and Chemical Engineering , Liaoning Normal Univer sit y , Dalian 116029 ,China) Abstract : A new met hodology was devised to p redict t he int ramolecular N - H …O = C Hbond energy for ploypeptide. This met hodology was applied to p redict t he int ramolecular H - bond energies for glycine and alanine dipeptides and t ripeptides. The geomet ries and vibrational frequencies were calculated using t he densi t y functional t heory B3L YP/ 63 1G( d) met hod . The M P2/ 63 11 + + G(3 df , 2 p ) calculation was p reformed to obt ain more accurate energies. The result s show t hat t he int ramolecular Hbond energy