MiRdetector一个预测与搜寻miRNA基因的计算工具.pdfVIP

维普资讯 第 12卷 第4期 上 海 大 学 学 报 (自然 科 学 版 ) Vo1．12No．4 2006年 8月 JOURNALOFSHANGHAIUNIVERSITY (NATURALSCIENCE) Aug．2006 文章编号：1007．2861(2006)04．0376．07 MiRdetector：一个预测与搜寻 miRNA基因的计算工具 张冬宁， 刘 阳， 王翼飞 摘要：MicroRNA(miRNA)是一类 内源性的长约21～24nucleotide(nt)的非编码小分子 RNA，能够调节其它基因的表达 活性，在生物体的发育过程中发挥重要的作用．每种生物体中miRNA的基因总数还未知，生物信息学分析手段为发 现新的miRNA基因提供了有效的方法．作者开发了一个预测与搜寻miRNA基 因的完全 自动化系统 “MiRdetector”． MiRdetector系统是基于计算机 比对和miRNA前体茎环结构判断的．用水稻 miRNA基因对系统的预测精度进行了检 验 。系统正确识别 了 155个样本 中的 140个 ，预测精度达到90．32％，并且搜寻到了95个可能的水稻 miRNA基 因。由 于系统的假阳性率较低，因此能够为进一步证实miRNA基因的实验研究提供高质量的数据集 ． 关键词 ：miRNA基 因；系统；MiRdetector；BLASTN；生物基因组 ；茎环结构 中图分类号：O224 文献标识码 ：A M iRdetector：A ComputationalTooltoPredictandDetectmiRNA Genes ZHANG Dong—ning， LIU Yang， WANG Yi—fei (SchoolofSciences，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，China) Abstract：MicroRNA (miRNA)areaclassofendogenous21—24nucleotidenon—codingsmallRNAs．They mayparticipateinawiderangeofgeneticregulatorypathwaysandplayanimportantroleinthedevelopmentof bothanimalsandplants．ThenumberofmiRNA genesin every species is stillunknown．Bioinformatics analyticmethod hasbeen used to find novelmiRNA genes．In thisstudy，a computational system called MiRdetectorisdeveloped，whichisused topredictandidentifymiRNA genes。Thecomputationalsystem is basedon homologysearchandprediction of stem—loop structure．Oryza sativamiRNA geneswere used to examinethepredictionquality．Intotal，140in155sampleswerecorrectlyidentified。Th epredictionaccuracy reaches90．32％ ．Moreover．detected95potential miRNA genesweredetected．Th efatsepositiveratewas low，SOthedatasetof candidatemiRNA genescanwellbeusedforfurtherverificationinexperiments． Keywords：miRNA genes；system ；MiRdetector；BLASTN