中国的的科学技术大学结点项目工作汇报.ppt

2007.06.11 企业资料 中国科学技术大学结点项目工作汇报 中国科学技术大学 2007.06.06 *中国科学技术大学结点 2007.06.11 企业资料 国家科技基础条件平台－网络计算环境平台 2007.06.11 企业资料 内容提要 环境平台建设情况 各个网格应用简介 交叉部署情况简介 已取得的初步成果 支持发表的相关论文 应用的成果转化情况 2007.06.11 企业资料 环境平台建设情况 在网络计算环境平台上研制并部署了10个典型网格应用软件： “ChemPath” 计算化学 “Gaussian” 计算化学 “NAMD” 分子动力学 “VASP” 分子动力学 “GADGET” 宇宙学 “Monto Carlo模拟方法应用” 计算物理 “扫描电子显微成像模拟SEMI” 计算物理 “背散射电子能谱的模拟BES” 计算物理 “反射电子能量损失谱模拟REELS” 计算物理 “MD5信息摘要算法Brute Force破解Decrypt” 密码学 网格系统处于稳定运行中，固定用户有48个，资源利用率达80%以上。 2007.06.11 企业资料 Monto Carlo模拟方法应用 ?Monto Carlo方法是分子模拟方法中的一种，它亦称为随机模拟(Random simulation)方法，有时也称作随机抽样(Random Sampling)技术或统计试验(Statistical Testing)方法。 基本思想：为了求解数学、物理、工程技术以及生产管理等方面的问题，首先建立一个概率模型或过程的观察或抽样试验来计算所求参数的统计特征，最后给出所求解的近似值。 2007.06.11 企业资料 应用页面 2007.06.11 企业资料 扫描电子显微成像模拟 极微细尺度下物理学研究是凝聚态物理研究的重要应用，基于扫描电子显微成像的模拟计算是一种有效的研究方法。 我们通过模拟扫描电子显微镜中信号的产生过程来模拟扫描电子显微镜衬度像。 具体方法上，根据固体/表面中的电子散射理论，并利用Monte Carlo模拟方法，研究扫描电镜的主要信号成像。 2007.06.11 企业资料 应用页面 2007.06.11 企业资料 背散射电子能谱的模拟 电子背散射模拟可以使用扫描电子显微成像和俄歇电子能谱分析 其产生机理仍未定量得到理解，定量计算对表面电子能谱分析非常重要 该模拟应用研究了背散射电子能谱和系数，系统模拟了背散射电子的能量分布，其理论模拟结果与实验测量的俄歇电子能谱背散射电子背景一致，揭示了级联二次电子对背景的贡献以及随电子束入射能量的变化关系。 2007.06.11 企业资料 应用页面 2007.06.11 企业资料 反射电子能量损失谱模拟 电子信号逃逸深度一般由体电子的非弹性散射平均自由程度决定，表面激发几率的存在造成表面与体内的非弹性散射平均自由程不同，因此需要定量描述反射电子能量损失谱中的损失峰强度。 表面电子能谱的特征为：散射电子除造成体电子激发外还伴随着表面电子激发，而随着入射能量降低及角度加大，表面效应变得更加重要。 2007.06.11 企业资料 应用页面 2007.06.11 企业资料 Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学工具，可以研究：分子能量和结构，过渡态的能量和结 构，化学键以及反应能量，分子轨道，偶极矩和多极矩，原子电荷和电势，振动频率，红外和拉曼光谱，NMR，极化率和超极化率，热力学性质，反应路径。 Gaussian NAMD 用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。用于预测生物分子的动力学行为和重要性质，如弥散因子，内聚能，等等。 各个网格应用简介 2007.06.11 企业资料 VASP VASP是进行从头开始计算的分子动力学计算的软件包，基于CASTEP1989版开发。 VAMP/VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切不足之处，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电子的彼此作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以很大程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。力与张量可以用VAMP/VASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。 各个网格应用简介 2007.06.11 企业资料 Gadget是宇宙学方面N-BOD