ADF教程：如何优化分子的几何结构.pdfVIP

费米科技（北京）有限公司 刘俊 如何优化分子的几何结构-ADF 此处以氧气分子举例：优化中性O2 分子： 1，参数设置 注意，O2 的基态是三重态（两个电子未配对），因此Spin Polarization 设为2 。因为O2 很小因此为 了省事，直接把优化的基组设置成了TZP ，实际上分子比较大的时候设置为DZP 更好（省时间），然后 优化结束之后，再计算single point 即可。本例中对总能量很感兴趣，因此PBE 的效果会好于B3LYP。 在ADFinput 分别点击file-save，file-run，即运行计算。 2，结果查看 计算结束后，查看总能量： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 费米科技（北京）有限公司 刘俊 注意：优化过程会不断地计算不同的分子结构，直到找到最低能量的结构为止。收敛标准得到5 个T 表示五个收敛标准都达到。其中第二个标准最重要，一般也是最后一个达到的，第二个标准是势能面的梯 度最大值。这个标准非常严格，对于大量过渡金属参与的化学反应，过渡态搜索，有可能达不到这样严格 的标准，一般到0.003 左右也可以认为收敛了，可以将对应的分子结构拿来使用。 优化过程结构变化的查看： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 查看能量的变化： 费米科技（北京）有限公司 刘俊 查看键长的变化： 按住shift 键，即可选择多个原子，如图所示，按住shift 键，分别选中两个O 原子，原子变为高亮， 表示被选中。 费米科技（北京）有限公司 刘俊 然后右方出现键长变化的图，窗口下方也会出现每一步的具体键长数值。 注意：键角、二面角也是类似，选中对应的原子，然后选择上面的选项即可。 如果要将某一帧（往往需要导出最后一帧）的结构导出，可以用如下几种方式： ? 在movie 窗口，点击file-save geometry，则将该结构保存为xyz 坐标格式，供下次使用； ? 在movie 窗口，点击file-Update Geometry In Input,则将该帧坐标更新到ADFinput 窗口中。 到此优化过程完成！ 一般结构优化完成之后，会进行频率计算，检查是不是存在虚频。如果存在虚频，则表示优化不精确， 需要继续优化。但这个问题在ADF 一般很少出现。因此，对于非弱键的体系，都可以省去这一步。如果 不放心，可以进行频率计算。