不同物种Mitf基因编码区生物信息学的分析.pdfVIP

2010，VOLUME12，NO．1ANIMALBIOTECHNOLOGYBULLETIN 不同物种Mitf基因编码区生物信息学分析 田腾飞，李祥龙‘ (河北农业大学动物科技学院，保定071001) 引言 factor，Mi卿是小眼畸形相关转录因子， ^办tf(microphthalmia．associtatedtranscription 它具有基本一螺旋．环．螺旋．亮氨酸拉链结构，研究发现M掺与了多种细胞包括色素细胞、肥 大细胞、破骨细胞的发育、分化和功能调节，其中尤其在色素细胞中起到关键作用。肋继 因可调控酪氨酸基因家族的表达，从而参与黑素生成的调控，主要是通过与酪氨酸酶基因家 族启动子的作用，一方面指导它们在黑素细胞中特异性表达，另一方面参与外界刺激对黑素 细胞黑素生成的调控。因此研究施彰基因编码区变异对研究动物毛色变异具有重要作用。 材料和方法 从NCBI的GenBank中下载马、鼠、人、野猪、黑猩猩、猕猴、狨猴7个物种的44条 4．20软 Mitf基因序列。先利用BioEdit软件对所得序列编码区进行比对分析，利用DanSP 件进行遗传多样性分析，再利用MEGA4．0软件的UPGMA方法进行聚类分析，构建聚类图。 结果与分析 在所分析的44条序列中，发现87个多态位点，百分率为8．00％，其中单一多态位点 25个，百分率为2．30％；简约多态位点62个，百分率为5．70％。不同物种内的多态位点数 也各不相同，其中人的Mitf基因核苷酸变异较大，说明人的MiOc基因多态性比较丰富。经 分析狨猴和猕猴的核苷酸歧异度、净遗传距离均最小，说明狨猴和猕猴的亲缘关系较近，其 中鼠与其它物种间的核苷酸歧异度和净遗传距离均最大，这说明鼠与本研究中其他物种间亲 缘关系较远，基本上与NCBI上的动物学分类相符合。所截选的不同物种Mitf基因序列编码 区中密码子有效值(ENC)为53．14 到未校正的f值为o．280，说明Mitf基因对密码子有较强的偏爱性。根据不同物种之间遗传 类图分析得出，鼠跟猪的亲缘关系最近，与黑猩猩的亲缘关系最远。 Mtmoerie“a岍翟tLts Su8sc∞白 HomosaD；M csbgl；tnI EqtaB Cafilthtix jmhuo Maca∞mulatta Pan t，I)9蛔《Iyt鼬 图I根据物种问的遗传分化构建的聚类图 treebased differentiation Figure．1 on ofspecies Phylogenetic genetic 讨论 在蛋白质编码过程中，不同物种或同一物种的不同基因在密码子使用上均存在明显的偏 爱性，即密码子偏爱性现象。本研究结果发现Mi矿基冈的某些密码子使用表现出较强的偏 爱性。目前，对密码子使用的偏爱性尤其是在进化中的作用还没有合理的解释，有待进一步 研究。在本研究中发现，物种间的Mitf基阒有87个突变位点