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Material Studio 软件
生成3D文档：
启动materials studio时选择create a new project，然后在出现的窗口中选择new project保存的目录及名称，我选择的是默认的路径及名称；
点击New选择3D Atomistic，点击确定，出现3D Atomistic.xsd
绘制吡咯分子基本键接结构
Sketch菜单上选择Sketch Ring，选择5 member，鼠标移到窗口中适当位置绘制五元环。选中其中一个原子，在Modify中选择modify element，下拉菜单中选择Nitrogen，将其中一个原子变为N原子。然后根据吡咯环的结构，选择环上相应的两个原子之间的键，然后在Modify中选择Modify Bond Type，下拉菜单中选择Double Bond。单击Adjust Hydrogen按钮自动为分子加入合适的氢原子，同时按下Clean按钮修正几何结构，这样结构中的键、键角和扭转角都会变得具有化学合理性。
改变显示方式
在窗口空白处右击鼠标选择Display style：
选择Line、Stick、Ball and stick、CPK 、Plyhedron改变显示方式。
Line：线状模型。即为上面显示的方式。
Stick：棍状模型。
Ball and stick：球棍模型。stick radius=0.2, ball radius=0.4
CPK：球堆砌模型。CPK scale=0.7
Polyhedron：多面体模型。
第二题：建立聚合物结构模型
2. 建立芳纶1414（聚对苯二甲酰对苯二胺
第一题：计算纳米管和有机小分子的结合能
计算小分子的能量：
在project中选择建立的吡咯小分子，在菜单栏中选择Modules，在下拉菜单中选Forcite再选择Calculation，弹出的对话框
在Task栏中选择 energy，然后点击Run进行计算，结果如下图：
Total energy=134.631746kcal/mol
2. 建立单壁碳纳米管并计算能量
选择菜单栏中的Build，在下拉菜单中选Build Nanostructure，再选Single-Wall Nanotube如下图所示：
按照计算小分子能量的方法计算单壁碳纳米管的能量，如下图所示
Total energy=2067.982362 kcal/mol
3. 将小分子吡咯复制到单壁碳纳米管上并计算能量
复制小分子吡咯到单壁碳纳米管中，如下图所示
计算其能量，如下图所示：
Total energy=5663489.266124 kcal/mol
所以单壁碳纳米管与小分子吡咯的结合能=（2067.982362 +134.631746）kcal/mol－5663489.266124 kcal/mol =-5661286.652016 kcal/mol
第二题：建立分子无定型聚集体，要求密度合理
1. 建立聚氯乙烯模型：
在菜单栏的Build下选择Build Polymers中的Homopolymer。如下图设置：
点击Build。显示形式选为球棍模型。
2.建立无定型聚集体：
在菜单栏Modules中的Amorphous Cell下拉单中的Calculation。在弹出的对话框中的Composition栏中Molecule选择上面建立的聚氯乙烯模型。查得聚氯乙烯的密度为1.38g/cc，把Density设为1.38g/cc。结果如下图所示：
点击Run。然后在窗口右击选择Display Style，在Lattice栏中将Style改为In-Cell模式，获得无定型聚集体。如下图所示：
作业-3：
第一题：介观结构
（1）建立聚合物：
建立芳纶1414模型。
（2）建立中间体晶粒
在Build下选择Build Mesostructure下拉单中的Coarse Grain。选择Preview进行预览。
然后点击Build建立。
（3）定义重复单元：
选择Build下的Build Mesostructure下拉单下的Mesomolecule，在弹出的对话框中选择组分名称以及数量。点击Build。
（4）添加模型：
选择Build下的Build Mesostructure下拉单中的Mesostructure Template。首先在弹出的对话框中的Filler文本栏中键入填充物名称，定为Filler 1，点击Build后。
出现以下对话框，在Former type中选择模型类型为Droplet。半径Radius选为20.0。Filler选为Filler 1，
点击Add。关闭对话框。
（5）添加中尺寸微粒
在Build中的Build Mesostructure下拉单中的Mesostructure，弹出
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