3图解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列.ppt

如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列 事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天只介绍一种。通过Blast是一种办法，但不够直观，需要判断的条件要多一些，经验也需要多一些。如果条件允许的话，我们可以借助其它一些专门的软件,让事情变得容易。 准备工作 首先介绍NCBI的其中一个软件，Splign /sutils/splign （点击online，在线运行） Splign -通过mRNA或EST序列与所在的基因组序列比对，用于单个基因结构图（外显子内含子）显示, 用户每次只能提交一个基因序列。 进入Genbank页面/genbank/ 查询结果 以下几张都是结果页面 在HNF-4基因的RefSeq区域，我们将可以看到这个基因的参考序列，有mRNA和编码蛋白质序列。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是mRNA序列。 接下来我们进入Splign的online界面（见前），你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比，要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，一般常用的生物都在。 结果一目了然，10个外显子，而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列，并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。 * 或直接进入NCBI主页/ Gene HNF-4 选择mouse的HNF4基因作为今天的例子 Mus musculus 小家鼠 Hnf4a 点击这里 基因名会随着版本的升级而变化，当然，以前使用过的基因名也会保留着。而基因名会对应一个GeneID，无论名字如何改变，GeneID是唯一的。 肝细胞核因子4α Gene mRNA Protein 从图中看出这个基因有10个外显子 这里你可以输入mRNA的accession或Fasta全序列 直接在这里选一个基因组（Mus musculus ） Align 开始比对 这里是HNF4基因所在的基因组序列 好像有多个基因组可选。其实它们是不同的人测出的。可以多点几个看看 *